Bij aanvang van de grote restauratie van de Buitenkerk (1963-1976) werd de kerk ontdaan van een groot deel van het veelal neogotische interieur. In de eerste helft van de jaren zestig had neogotiek nog niet die waardering die het vanaf begin jaren zeventig zou krijgen. Gevolg was dat bij voltooiing van de restauratie de kerk moest worden aangevuld met interieurstukken van elders.
Zo is het neogotische hoofdaltaar uit 1903 met zijaltaren afkomstig uit de in 1965 afgebroken O.V. Vrouwekerk te Dieren, kwam de eveneens neogotische biechtstoel uit de gesloten kerk van de H. Michael te Hazerswoude, de preekstoel uit 1760 (rechts) uit de opslag van het bisschoppelijk museum in Haarlem en de houten doopvont uit de collectie van het aartsbisschoppelijk museum in Utrecht.
Slechts een klein aantal interieurstukken van voor de restauratie keerde+ terug in de Buitenkerk, zoals de kruiswegstaties uit 1877/78, de neogotische hardstenen doopvont met koperen deksel (1914), de twee beelden van Maria en Jozef in 1944 vervaardigd door Wim Harzing en beelden en voorstellingen afkomstig van de in 1963 gesloopte preekstoel en communiebank (beiden uit 1867). Geleidelijk bood de kerk ook een thuis aan andere objecten die elders geen plek meer hadden maar in de Buitenkerk een goede aanvulling vormden, zoals bijvoorbeeld het beeld van Augustinus (1932) van M. Andriessen afkomstig van de gesloten Augustinuskerk in Amsterdam en het schilderij De Voetwassing door Harry Sterk in 1953 vervaardigd voor de eetzaal van de paters Augustijnen aan de Oudegracht in Utrecht.
Een recente aanwinst is de biechtstoel (links) uit het midden van de 18de eeuw, afkomstig uit het omvangrijke depot van de Rijksdienst voor Cultureel Erfgoed en sinds 2023 in langdurig bruikleen van deze instelling. De opvallende stijlovereenkomst tussen biechtstoel en preekstoel bepaalde voor de Rijksdienst de keuze voor de Buitenkerk om dit bijzonder collectiestuk zichtbaar te laten zijn.